Фильм "Кто убил неандертальца?" расследует историю человечества и пытается узнать, что произошло с неандертальцами, вымершими около 40 000 лет назад. Гипотезы о причинах их исчезновения включают в себя изменения климата, эпидемии, конфликты с современными людьми и даже нападения хищников. Фильм проводит тщательное исследование этих гипотез, чтобы попытаться выяснить, что на самом деле произошло с этими древними людьми.